看到基督教在中国迅速发展，很快就要风靡全国，不由得担忧起来，一旦教权超越皇上在百姓中的地位和信任度，那就危险了。于是孝庄开始暗中捣鬼抑制基督教的发展。为了节制和分流教众，孝庄劝顺治集资重修位于城南郊的海会寺。在孝庄母子的大力支持下三教迅速兴起起来，特别是佛教更是空前的兴盛。佛教香火之旺，令基督教徒们感到了莫大的恐慌。
由此顺治也开始“移情别恋”，心渐渐向佛教靠拢。其实当时满人也有教，是一种令人神魂颠倒的巫术，叫萨满教。起初蒙古喇嘛们利用呼唤魔鬼和巫医之术来迷惑和影响族人，达到自己某种利益。而满族入主中原后，它虽然在武力上征服了天下，但在思想信仰上，与汉人有着强烈的冲突。为了国家的长治久安，清朝急需一种能为满汉都能接受的宗教信仰来完成思想上的统一和融合。
出于这种目的，孝庄才允许基督教打开中国之门，也才对顺治追捧汤若望睁一眼闭一只眼。她没聊到顺治走入极端，而且越陷越深。特别让她忐忑不安的是，基督教发展速度太快了，完全违背了自己原先的意愿。因此孝庄才不得不出手抑制基督
教扩充，支持佛教发展。
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